Пример
$(document).ready(function(){
  
   $("#but1").click(function(){
      $("div").animate({marginLeft:"100px"},1000);
      $("div").animate({marginTop:"50px"},1000);
      $("div").animate({marginLeft:"0px"},1000);
      $("div").animate({marginTop:"0px"},1000);
   });
   $("#but2").click(function(){
      $("div").stop(true);
   });
});
Метод stop останавливает выполнение запущенной анимации для выбранного элемента.
$(селектор).stop(очистить_очередь,мгновенно_завершить)
селектор указывает элемент, анимация которого будет остановлена.
очистить_очередь (необязательный параметр) Если данный параметр имеет значение true будет прервана вся анимация помещенная в очередь, а не только выполняющаяся в данный момент.
мгновенно_завершить (необязательный параметр) Если данный параметр имеет значение true вся запущенная анимация будет мгновенно завершена.